要想有效控制和管理建设工程投资，就要在项目决策时期、项目设计时期与项目实施时期将工程的投资额控制在限定范围内，优化建设工程项目投资的控制与管理，以此实现工程投资目标，在各个项目建设中人力、财力与物力能够合理分配，防止“三超”情况的产生，保障工程完工后决算控制能够在审计的概算范围里完成。
建设单位要充分意识到编制投资预算的重要性，投资预算是项目建设前期重要的工作环节，有决策性意义的文件，更是分析建设项目资金效果的理论依据。因此必须审核预算的编制是否符合相关的标准；审核工程合同的签订是否符规，条款是否严密和完备。责任、义务、数量和质量、工期、造价、付款比例与结算方式、保修等内容是否明确完整。预算编制和合同签订完必须经领导审批同意后并于开工前交财务科、审计科各一份，方可施工。审计科必须审核该工程项目是否具有专业资质的会计师事务所或相应部门出具的概算，是否有院部的可行性认证报告，是否有领导的批示，是否有立项批文，是否有按投资计划和相关程序报部门申报批准的批文。参与招标和内部招标的工程是否按程序和要求进行。在施工前，审查该项目是否有招标合同，施工方和监理方有无资质证书。
首先项目主管部门要负责组织编制设计方案的工作，工程项目必须严格执行基本建设程序，先勘察、后设计、再施工的原则，在编制方案的过程中必须组织专家及相关科室人员进行反复认证，广泛听取各部门的意见，方案得到大家一致认可后方可定稿。设计方案的最终定稿必须要有分管院长、项目主管部门的负责人、工程所在科室的分管院长、科主任、长签名认可。设计方案一经确认不得随意变更修改，确因客观原因需修改时，需报请院领导审批同意。经签字认可的设计方案方可交医院内部招标中心送专业机构进行预算编标。在设计方案过程中，我们必须消除轻设计的，控制工程投资要从设计做起，将工程造价进行有效控制，设计质量符合国家标准。同时还要采用限额设计，依据经批准后的投资预算控制设计方案，不仅要各专业实现使用功能，还要按照分配的投资限额进行设计，严格控制总投资额不被突破。在对工艺技术方案进行选择时，先进技术方案有效率高、产品质量好的优点，但相对投资较大。因此，我国在建设医疗机构时要依据实际情况，以提高效益为基础，合理有效地运用先进技术方案与新工艺。
对施工中的项目工程，审计科必须不定期地进行审计，项目主管部门必须安排专人去现场对材料的评判、质量、等级等实时进行监督，核对其是否符合合同的要求并进行书面验收签字，防止施工方偷工减料、以次充好。工程造价必须严格控制在国家的预算范围内，对在施工中必须新增的工程项目，施工方必须要有详细的书面说明，并经相关领导签证后方可施工，签证金额确认范围如下：a.增补工程预算金额在3000元内的由项目主管部门科长、项目所在科室的负责人、审计科长三方签证确认方可施工；b.增补工程预算金额在3000元至1万元内的必须有项目主管部门的分管院长、项目所在科室的分管院长、审计科长签证确认方可施工；c.增补工程金额在万元以上的必须有院长、纪检委员、项目主管部门的分管院长、项目所在科室的分管院长、审计科长签字确认方可施工。
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综上所述，控制与管理医院建设工程项目的投资需要利用科学技术原理以及经济和法律手段，在项目建设过程中的各个阶段，运用科学的计价办法和合理的计价依据，确定投资预算、设计预算、施工图预算，以此实现最佳投资效益。