期刊学术论文的结构就是论文内部的组织和构造，是论文作者思的反映。国家在《科学技术报告、学位论文和学术论文的编写格式》中明确，一篇完整的学术论文，由前置部分、主体部分、附录和结尾构成。
一般而言，期刊学术论文的前置部分主要有标题、署名、摘要和关键词四个部分，其中每一部分都有自己的功能和写作规范。
标题也称为“题名”、“题目”、“文题”或“篇名”等，是论文重要内容的逻辑组合。期刊学术论文的题目是期刊学术论文的第一条信息，它除了准确、具体反应期刊学术论文的内容，起到统领全文的作用外，还对选定关键词、编制题录和索引等文献检索提供重要信息。要根据“正确”、“明确”和“准确”的原则拟定期刊学术论文的标题，题目用词要确切、恰当、鲜明、简短，要尽量使用关键词语和规范词语，慎重使用缩略词语，避免使用不常见的缩略词、首字母缩写字符、代号和公式。期刊学术论文的标题既要概括中心思想，又不要太长，20个汉字以内为宜，最长不能超过25个汉字。为了更充分地表现主要内容，引申主题，或者对某一事实加以说明，还可以在标题后面加上副标题，起到对主标题补充、解释和说明的作用。主标题高度概括论文内容，副标题说明论文的研究对象、研究内容、研究目的。
作者在期刊学术论文完成后，一般须在论文的标题下方签署作者的真实姓名(或者笔名)和单位信息。署名表明了作者身份和文责自负的态度，还表明了期刊学术论文的著作权。同时，署名还为作者与读者之间建立联系提供了渠道，读者阅读论文后，若需与作者商榷，或要进行询问、求取帮助，可以与作者联系。如果期刊学术论文有两个以上作者，或者有两个以上的人参与了与论文相关的工作，目前普遍的做法是根据对该期刊学术论文作出贡献大小的先后顺序进行署名，参与辅助性工作的人，不能列为作者。署名顺序应事先约定。
摘要又称概要、内容提要，是期刊学术论文的简摘。摘要以浓缩的形式展示了学术研究的，是期刊学术论文前置部分的一个重要组成部分。摘要对论文的研究目的、方法、结果和结论进行说明，拥有与论文同等量的主要信息，读者通过摘要可以在不阅读论文全文的情况下，了解和获得论文的主要信息。摘要要正确选用时态和语态，一般情况下，摘要一般以第三人称来写。摘要的篇幅一般在200-300汉字，英文摘要不超过250个实词，最多不超过300个字实词。
关键词是从期刊学术论文的论文题名、摘要、层次标题或正文中选取出来的能反映期刊学术论文主题概念的词或词组，是用以表示全文主题内容信息的词或词组。期刊学术论文的关键词对该期刊学术论文的检索起着关键性的作用，有利于读者查阅、检索和利用文献，在计算机情报检索中有着广泛的应用。一篇期刊学术论文关键词选取的数量应以3-7个为宜，从笔者见到的大多数文章来看，选取的关键词一般在3-5个，关键词之间要进行有效的切分。
正文是期刊学术论文的主体部分，也是整篇论文的核心，它体现了期刊学术论文的质量和学术水平的高低。一般包括引言、正文和结论。
引言又称绪论、前言等，是论文的开头语，作为期刊学术论文的开端，说明论文的撰写背景和目的，引言提出文中要研究的问题，进行文献综述，叙述研究方法，介绍论文的作用和意义。引言与结论相呼应，对全文有提纲挈领的作用，引导读者阅读和理解全文。引言的篇幅视论文的内容而定，一般写1个段落，也有写2个、3个甚至4个段落的，以“少而精”为宜。
正文是期刊学术论文的核心部分，分析、研究和解决问题的部分，占期刊学术论文的主要篇幅，是对研究内容进行全面的阐述和论证，是论文的学术水平、学术价值的集中反映。正文在论证过程中，必须实事求是、客观真实、准确无误、合乎逻辑。正文的结构层次要分明，语言要简练，论证要严密。为了使论述具有条，正文部分一般都划分为若干小节，小节间要有层次标题，有时候每一小节也有一个标题，无论是层次标题还是小节标题，标题要醒目，要与内容一致，字数也不宜过多，一般在20字以内。
结论或讨论是论文最终的、总体的总结，通常说明研究的问题、研究的待解决的问题，是作者表达其主要意见、见解和主张的一种，起着总结全文、深化主题、规律的作用。但是，结论或讨论不是期刊学术论文必需的组成部分，如果有结论或讨论，要力求准确、简洁、精练、明了。
作者在选择、构思或撰写论文的过程中，接受了别人指导或，或者是接受了有关单位和个人在技术、资料、信息、物质或经费等方面的帮助应该致谢，如果没有上述情况就不需要专门致谢。论文的致谢排在参考文献表之前。致谢的词语要诚恳、简洁、恰当。
注释大体可分为两类：一是对论著内容、语汇的含义进行的解释说明与评论;一是交待引经据典、旁征博引的出处。根据作注者的不同，注释可分为作者原注、编者注和注;根据排版的不同，注释又可分为脚注、夹注、边注和尾注，尾注又可分为文(章)末注和书末注等。注释的体例也花样繁多，有学者：题目注释使用脚注出现在当页;作者注释以脚注出现在当页，或出现在当页的“摘要栏”，以便索引类书刊扫描摘录;释义性注释用脚注出现在当页，或用尾注出现在篇末或书末编号作注。
参考文献又称文后参考文献，附在论文的后面，是论文引用的有关图书资料，包括或直接引用的材料、数据、论点等，是期刊学术论文不可缺少的部分。期刊学术论文写作的每一个环节都离不开对前人或他人已有相关研究的借鉴、参考和利用。这些被借鉴、参考和利用的前人或他人已有相关研究就必须进行恰当的著录，并要按照一定的格式标引出来，这就形成了该论文的参考文献表。所列参考文献的出处必须准确无误，参考文献的格式要根据有关著录，国际上有好几种参考文献的著录方法，在我国主要采用“顺序编码制”和“著者——出版年制”两种著录方式。