学校图书馆于1959年建校时同时建立，2000年原安徽省医药学校图书馆并入。经过五十多年的建设和发展，图书馆已成为服务中医药教学、科研、医疗，开展中医药学术研究交流的图书情报信息中心。
1994年，全国副委员长卢嘉锡院士为我馆题写了馆名。近年来国务院有关部委和安徽省委省对我校图书馆的建设和发展高度重视，多次调研并拨出专款，对我馆中医古籍收藏和整理工作给予了充分肯定。2010年6月校图书馆被国务院批准为“全国古籍重点单位”。
现有东新区两馆，馆舍面积1.5万平方米，建筑面积4万多平方米的少荃湖新馆已动工兴建。现设采编部、读者服务部、特藏部、技术保障部、信息咨询部、办公室6个部门。现有正式职工40人，其中硕士及本科学历27人，有中、高级职称17人，初步形成了一支结构较为合理的专业技术队伍。
现有中医药书库、线装书库、样本书库、外文书库、中文二线书库等各类书库和专业期刊阅览室、过期阅览室等各类阅览室、电子阅览室、室等共计26个。此外，还建有安徽首家古籍修复室。拥有阅览座位800余个。目前馆藏各类纸质文献98.93万余册（含附属机构5万册）。现订阅中外文纸质期刊1100多种。书刊资料以中医药为重点，其他各相关专业也有较好的保障。
电子资源逐年丰富，具有一定规模，拥有《中国学术期刊全文数据库》、中国优秀硕士、博士论文全文数据库、万方《数字化期刊数据库》、万方《中国学位论文数据库》（博硕士论文），《中国生物医学文献数据库》、《中国药学文摘数据库》、《中国中医药数据库》、《银符在线考试题库》、《读秀学术搜索》、《复印资料库》、《万方医学视频数据库》、《ScienceDirect》、《Springer外文期刊全文数据库》、《泉方外文期刊数据库》等中外文数据库40个，超星与中国数字图书馆、北大方正、书生之家、EBM等电子图书共100.8万余册，并有部分网上免费资源，电子资源容量已达101.6T。已建立起系列服务器群，拥有了较完善的内部网络信息服务平台。为读者服务的服务器、计算机共计305台，良好的网络运行保障了电子资源的有效利用。
作为全校的文献信息中心和为教学与科研服务的学术性机构，图书馆以“读者第一、服务育人”为旨，履行教育和信息服务职能。业务工作现已全面实现了自动化，采用分室藏书、开架借阅、藏阅合一、电子监测、网络管理等方式，开展外借、阅览、参考咨询、信息检索、读者教育、文献复制等全方位信息服务。除古籍书外，所有书刊均实行全开架借阅，电子资源均实行24小时网上免费服务。近几年在继续深化传统文献服务的同时，大力推进现代信息服务，广泛发动读者参与互动，取得了良好的效果。年接待读者量均在40万人次以上。
学校图书馆是中国中医药信息研究中心理事单位，中国中医药图书情报委员会华东分会单位，安徽省图书馆专业委员会理事单位。作为全省中医药信息中心，图书馆不断探索新的技术手段和服务方式，以期更深、更广地做好信息服务工作。
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