马云认为：在企业中，不应因人设岗，而应因事设岗，同时需要相应的定编、定岗、定职责等一系列配套制度。制定合理的淘汰机制，用激励制度励先进，用淘汰制度制约落后，形成双向流动，才能调动每个员工的积极性。而针对不同岗位的工作人员，则需要运用不同的管理方法。
具体来说，就是对高层采用无为而治的思想管理；对中层采用人之初，性本善的思想管理；对下层则采用人之初，性本恶的法家思想管理。按这样的思，马云对不同级别的员工分别制定了对应的考核标准。
马云认为，对于一个企业而言，其核心就在于占全体员工20%的高管和中管（高端技术人员），这些人的创造性、风险决策判断能力、寻找机会的能力、有效的组织实施能力等，决定着企业的盈利能力和竞争力。因此在确定了企业的整体目标和方向之后，最高管理者只需负责监督与控制全局。对能提拔到高层的人员，大多应给予充分的发挥空间，应采用无为而治的思想管理。他在回忆录中说：在充分授权的情况下，让高层管理人员去指挥和决策，而非最高管理者对高层管理人员指手画脚、教他们如何管理，更不是极度不放心地直接操控。高级管理层不是只出力而不出思想、不出创意，否则这个企业就会没有凝聚力，并僵硬死板，缺乏活力。
中层管理者是上下之间的连接，更是执行的主力，因此要给他们一定的自主权和一部分激励与处罚的，所以马云对中层采取了人之初，性本善的思想管理。这样做，必须要对他们有充分的信任，而不仅仅是严格的监督与约束。比如，马云在回忆录中提到，在华远的章程里，对中层及以上的员不要求打卡，要相信他们为完成任务主动加班的时间会比迟到的时间多。考核不是以时间来约束和要求，而是以工作任务完成的质量与节点来控制，使中层人员有一定的灵活性，以发挥他们的积极性。
下层工作人员流动性较大，是执行力的最基础部分，因此要用法家的‘人之初，性本恶’思想管理，用严格的纪律与制度进行约束。马云在回忆录中写道，对这些下层人员，不能有过多的灵活性和自主权，必须严格地执行上级的命令，要按时打卡，工作时间，并对加班加点给予励。同时，还要做出责任的限定，即领导者决策，由领导者承担决策的责任，执行者只承担执行中的责任，这样就解除了执行者对决策错误引起的执行责任的担忧，可以尽心尽力将工作精力放在执行层面。他打了个比方：生产什么是决策者的事，而生产质量的好坏和进度则是执行者的事。
在马云的眼里，员工与企业不仅仅是雇佣关系，员工也是企业的主人。只有把员工利益放在企业利益分配中的重要上，才能确保企业利益。
马云用华远的管理指标说明了他的这一观点。他说在华远的管理指标中，排在第一位的是对国有资产的保值增值，这被他视作是一种社会财富创造的。没有社会财富的创造，就不可能有企业的利润。尤其是一个完全市场化、没有任何垄断优势和专属经营权的企业，不可能靠资源和政策的去获取利润；排在第二位的就是考核员工效益的增长，如果企业的利润增长不能与员工收入增长同步，则是一种非公平的分配。而如果管理层和员工满意自己的收入（包括股权收入）增长，国有资产必然跟着受益。
马云制定的华远的作息制度就体现了这一点：作息制度每周只有34个小时的标准工作时间，周一至周四每天工作7小时，周五工作6小时。节假日还会增加半天、一天或一天半的假期。但按任务考核时则不论工作时间，能在工作时间完成的自然按时上下班，如果不能完成则需自己安排延长工作时间。虽然没有加班费，但对业绩的励却远远超过按小时计算的标准工资。因此，在华远从未有任何员工对工作时间与加班加点的问题提出，反而会主动为完成业绩延长工作时间。
除了免费对员工提供培训，并为员工配股之外，还对员工的家人给予关怀。马云早在公司成立之初，就为每个员工的独生子女发节日红包（每人100元），一直发到该独生子女满14岁，至今已了25年。他在回忆录中说：这与钱的多少无关，而是一种心意，一种无法用语言表达的爱的传递。也许我无法记住孩子的成长和分不清是谁的孩子，但只要我的心中装着孩子们，员工的心中就会装着这个企业。
马云的回忆录中有这样一段话：当人的灵魂有归宿时，他才敢放开胆子去现实中拼博。就像船在海上乘风破浪，可以在满身创伤时回到平静的港湾中补充给养，再战。企业就是职场拼搏中的家。有了家的感觉时，员工才会把未来寄托在家的关怀与爱护之中，和家一起成长。只工曾努力地为企业做出贡献，必然能从‘家’中得到应有的回报、尊重和荣誉。此即马云所说的企业凝聚力。
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